Som mange andre militære arealer indeholder Fløjstrup Bakker store naturværdier i form af et rigt dyre- og planteliv. De påvirkninger, det åbne landskab har været udsat for, er ofte gået helt uden om forsvarets øvelsesterræner. Nogle terræner har ligget i naturtilstand i flere generationer, enkelte har aldrig været rørt, og den naturlige flora og fauna har derfor haft gode muligheder for at udvikle sig frit.
Da Fløjstrup Bakker er et militært område, er de rekreative interesser og offentlighedens adgang til hjemmeværnets areal kun tilgodeset i det omfang, at det ikke generer den militære brug og i øvrigt er sikkerhedsmæssigt forsvarligt.
Hjemmeværnskommandoen og Naturstyrelsen indgik i 2004 en aftale om drift og pleje af statens fem hektar store arealer ved Fløjstrup Skydebane.
Skydebanen ligger i den nordlige udkant af landsbyen Fløjstrup med indgang til naturområdet for enden af Højtoftevej. Dele af militærterrænet på sydskråningen af den 61 meter høje Møllebakke rummer sine steder en spændende flora.
Bakkeskråningerne var i 2004 siden næsten groet til i selvsået skov og krat. Med naturplejen af arealet fremstår de statslige arealer nu lysåbne med spredte egetræer og enebærbuske, der vidner om tidligere tiders hede med spredt hedelyng enkelte steder. Det kuperede og naturskønne areal slutter mod nord i en dyb slugt.
Der er ingen kendte fortidsminder på statens areal ved Fløjstrup. Men arealet ligger som en kile mellem to gravhøje. Den vestlige bronzealderhøj hedder Møllehøj, mens højen øst for skydebanearealet kaldes Katbakke.
Nord for Møllehøj er fundet en boplads fra ældre romersk jernalder. Potteskår, ødelagte hustomter og skriveredskaber er fundet på stedet. Desuden er der vest for Møllehøj ved udgravninger fundet spor af en jernalderboplads.
Udgravningerne ved Fløjstrup er beskrevet i artiklen “Silkevejen” af Anne Hedeager Krag i Tidsskriftet SKALK årg. 1999 nr. 6, idet der her er fundet et lille stykke silkestof. Det vidner om, at en Fløjstrup-kvinde kan have været i kontakt med eller måske ligefrem stammer fra et kontinentalt, kristent miljø på et tidspunkt, hvor der kun kan have været sporadiske kristne enklaver herhjemme. En anden mulighed er, at hendes klædningsstykker har været importeret. At silken har været et beundret syn i 800-tallets Danmark, er hævet over enhver tvivl.
Turlængde 2 – 5 kilometer